Diversité et structuration génétique des Sapotacées endémiques de l'archipel des Mascareignes à différentes échelles spatiales et temporelles / Stéphanie Dafreville

Public ISBD Titre : Diversité et structuration génétique des Sapotacées endémiques de l'archipel des Mascareignes à différentes échelles spatiales et temporelles Type de document : texte imprimé Auteurs : Stéphanie Dafreville, Auteur Editeur : Saint-Denis : Université de La Réunion Année de publication : 2013 Importance : 1 vol. (105 p. + annexes) Présentation : couv. ill. en coul., graph. en coul. Format : 30 cm Langues : Français Mots-clés : [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ANALYSE ECOLOGIQUE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0102 - ETRES VIVANTS:CLASSIFICATION PHYLOGENETIQUE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:GENOME:ADN [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:PATRIMOINE GENETIQUE [ECOPLANETE] 1800 - DIVERS:1803 - MOTS OUTILS:COMPARAISON [LOCALISATION GEOGRAPHIQUE] OCEAN INDIEN:MASCAREIGNES [LOCALISATION GEOGRAPHIQUE] OCEAN INDIEN:MASCAREIGNES:ILE DE LA REUNION [LOCALISATION GEOGRAPHIQUE] OCEAN INDIEN:MASCAREIGNES:ILE MAURICE Mots-clés : ECHANTILLONNAGE  GENOTYPAGE  HAPLOTYPIQUE  PHYLOGENETIQUE  PHYLOGEOGRAPHIE Résumé : Résumé : L'objectif de la thèse a été de comprendre l'origina et la mise en place des 14 espèces endémiques de la famille des Sapotacées (réparties en 3 genres) au sein de l'archipel des Mascareignes à travers l'analyse de la structure de la diversité génétique à différentes échelles spatiales et temporelles. A l'échelle de la famille, l'analyse phylogénétique a révélé des clades à structure polytomique. Les résultats obtenus sont congruents avec les regroupements taxonomiques (forte différenciation entre tribus, trois groupes distincts au sein du genre Sideroxylon). Des variations intraspécifiques plus importantes que celles recensées à l'échelle interspécifique ont été mise en évidence chez les Labourdonnaisia. A l'échelle des deux lignées de Sideroxylon, l'analyse des microsatellites chloroplastiques a montré une forte diversité haplotypique structurée spatialement à l'échelle inter-île et intra-île selon l'île et l'espèce considérée. A l'échelle des Sideroxylon de la section Calvaria, les marqueurs microsatellites nucléaires ont révélé une forte différenciation ente S. majus de La Réuunion et les espèces mauriciennes.A Maurice, la différenciation est plus marquée entre S. grandiflorum et les deux autres espèces. A l'échelle de S. majus, une très forte diversité génétique structurée en trois groupes génétiques a été mise e évidence. La comparaison entre différentes cohortes n'indique pas d'érosion génétique mais une différenciation interpopulationnelle plus élevée chez les juvéniles. Ces résultats soulèvent la nécessité d'études complémentaires afin de déterminer les processus qui sont à l'origine des patrons détectés à différentes échelles spatiales et taxonomiques. Note de contenu : Ecole Doctorale des Sciences, Technologies et Santé E.D. n°542 UMR Peuplement végétaux et Bio-agresseurs en Milieu Tropical CIRAD - Université de La Réunion Thèse présentée par Stéphanie DAFREVILLE, pour obtenir le diplôme de Doctorat en Biologie des populations et écologie. Soutenue le 08 novembre 2013 devant le jury composé de : Guillaume BESNARD, chargé de recherche; Pierre Michel FORGET, maître de conférence; Pascale Besse, professeur; Christophe Thébaud, professeur; Dominique Strasberg, professeur; Marie-Hélène Chevallier, chercheur. Nature du document : Thèse Diversité et structuration génétique des Sapotacées endémiques de l'archipel des Mascareignes à différentes échelles spatiales et temporelles [texte imprimé] / Stéphanie Dafreville, Auteur . - Saint-Denis : Université de La Réunion, 2013 . - 1 vol. (105 p. + annexes) : couv. ill. en coul., graph. en coul. ; 30 cm. Langues : Français Mots-clés : [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ANALYSE ECOLOGIQUE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0102 - ETRES VIVANTS:CLASSIFICATION PHYLOGENETIQUE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:GENOME:ADN [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:PATRIMOINE GENETIQUE [ECOPLANETE] 1800 - DIVERS:1803 - MOTS OUTILS:COMPARAISON [LOCALISATION GEOGRAPHIQUE] OCEAN INDIEN:MASCAREIGNES [LOCALISATION GEOGRAPHIQUE] OCEAN INDIEN:MASCAREIGNES:ILE DE LA REUNION [LOCALISATION GEOGRAPHIQUE] OCEAN INDIEN:MASCAREIGNES:ILE MAURICE Mots-clés : ECHANTILLONNAGE  GENOTYPAGE  HAPLOTYPIQUE  PHYLOGENETIQUE  PHYLOGEOGRAPHIE Résumé : Résumé : L'objectif de la thèse a été de comprendre l'origina et la mise en place des 14 espèces endémiques de la famille des Sapotacées (réparties en 3 genres) au sein de l'archipel des Mascareignes à travers l'analyse de la structure de la diversité génétique à différentes échelles spatiales et temporelles. A l'échelle de la famille, l'analyse phylogénétique a révélé des clades à structure polytomique. Les résultats obtenus sont congruents avec les regroupements taxonomiques (forte différenciation entre tribus, trois groupes distincts au sein du genre Sideroxylon). Des variations intraspécifiques plus importantes que celles recensées à l'échelle interspécifique ont été mise en évidence chez les Labourdonnaisia. A l'échelle des deux lignées de Sideroxylon, l'analyse des microsatellites chloroplastiques a montré une forte diversité haplotypique structurée spatialement à l'échelle inter-île et intra-île selon l'île et l'espèce considérée. A l'échelle des Sideroxylon de la section Calvaria, les marqueurs microsatellites nucléaires ont révélé une forte différenciation ente S. majus de La Réuunion et les espèces mauriciennes.A Maurice, la différenciation est plus marquée entre S. grandiflorum et les deux autres espèces. A l'échelle de S. majus, une très forte diversité génétique structurée en trois groupes génétiques a été mise e évidence. La comparaison entre différentes cohortes n'indique pas d'érosion génétique mais une différenciation interpopulationnelle plus élevée chez les juvéniles. Ces résultats soulèvent la nécessité d'études complémentaires afin de déterminer les processus qui sont à l'origine des patrons détectés à différentes échelles spatiales et taxonomiques. Note de contenu : Ecole Doctorale des Sciences, Technologies et Santé E.D. n°542 UMR Peuplement végétaux et Bio-agresseurs en Milieu Tropical CIRAD - Université de La Réunion Thèse présentée par Stéphanie DAFREVILLE, pour obtenir le diplôme de Doctorat en Biologie des populations et écologie. Soutenue le 08 novembre 2013 devant le jury composé de : Guillaume BESNARD, chargé de recherche; Pierre Michel FORGET, maître de conférence; Pascale Besse, professeur; Christophe Thébaud, professeur; Dominique Strasberg, professeur; Marie-Hélène Chevallier, chercheur. Nature du document : Thèse

Phylogénie et évolution du clade Polyscias sous-genre Grotenfendia (Araliaceae) des Mascareignes / Cédric Soutif

Public ISBD Titre : Phylogénie et évolution du clade Polyscias sous-genre Grotenfendia (Araliaceae) des Mascareignes Type de document : texte imprimé Auteurs : Cédric Soutif, Auteur Editeur : Saint-Denis : Université de La Réunion Année de publication : 2011 Importance : 1 vol. (73 p.) Présentation : cartogr. en coul., photogr. en coul., graph. en coul. Note générale : Bibliogr. p. 59-66 Langues : Français Mots-clés : [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ECOLOGIE VEGETALE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ESPECE RARE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0102 - ETRES VIVANTS:FLORE:VEGETAL:ESPECE VEGETALE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:GENOME:ADN [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:PATRIMOINE GENETIQUE [LOCALISATION GEOGRAPHIQUE] OCEAN INDIEN:MASCAREIGNES Mots-clés : Polyscias  phylogénétique  SNP Résumé : Extrait du résumé : Le genre Polyscias (Araliaceae) présente une radiation spécifique au niveau de l‟archipel des Mascareignes. Les 3 îles qui le constitue sont des îles isolées et récentes (âgées de 2 à 10 MA) au large de Madagascar. Alors que 8 des 15 espèces connues de Polyscias sous-genre Grotenfendia sont en danger critique d‟extinction, et qu‟il subsiste de nombreuses interrogations quant à la taxonomie du groupe, il est important, dans une optique de conservation, d‟en améliorer la connaissance systématique. Cette étude présente le pouvoir discriminant d‟un nouveau type de marqueurs : les marqueurs SNP, développés à partir d‟une modification du protocole de Xu et al. (2009). Les premiers résultats montrent que ces marqueurs apportent une résolution des arbres phylogénétiques supérieure à celle obtenue avec les marqueurs ITS et ETS, confirment l‟origine monophylétique des espèces du genre Polyscias des Mascareignes et apportent quelques connaissances sur la dispersion du groupe au sein de l‟archipel. Note de contenu : Master 2 – Biodiversité et Ecosystèmes Tropicaux - Parcours Biodiversité et Ecosystèmes Naturels Encadrement scientifique : C. Baider, L. Gigord, C. Lavergne, P.P. Lowry II, G.M. Plunkett Nature du document : Rapport de stage Phylogénie et évolution du clade Polyscias sous-genre Grotenfendia (Araliaceae) des Mascareignes [texte imprimé] / Cédric Soutif, Auteur . - Saint-Denis : Université de La Réunion, 2011 . - 1 vol. (73 p.) : cartogr. en coul., photogr. en coul., graph. en coul. Bibliogr. p. 59-66 Langues : Français Mots-clés : [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ECOLOGIE VEGETALE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ESPECE RARE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0102 - ETRES VIVANTS:FLORE:VEGETAL:ESPECE VEGETALE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:GENOME:ADN [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:PATRIMOINE GENETIQUE [LOCALISATION GEOGRAPHIQUE] OCEAN INDIEN:MASCAREIGNES Mots-clés : Polyscias  phylogénétique  SNP Résumé : Extrait du résumé : Le genre Polyscias (Araliaceae) présente une radiation spécifique au niveau de l‟archipel des Mascareignes. Les 3 îles qui le constitue sont des îles isolées et récentes (âgées de 2 à 10 MA) au large de Madagascar. Alors que 8 des 15 espèces connues de Polyscias sous-genre Grotenfendia sont en danger critique d‟extinction, et qu‟il subsiste de nombreuses interrogations quant à la taxonomie du groupe, il est important, dans une optique de conservation, d‟en améliorer la connaissance systématique. Cette étude présente le pouvoir discriminant d‟un nouveau type de marqueurs : les marqueurs SNP, développés à partir d‟une modification du protocole de Xu et al. (2009). Les premiers résultats montrent que ces marqueurs apportent une résolution des arbres phylogénétiques supérieure à celle obtenue avec les marqueurs ITS et ETS, confirment l‟origine monophylétique des espèces du genre Polyscias des Mascareignes et apportent quelques connaissances sur la dispersion du groupe au sein de l‟archipel. Note de contenu : Master 2 – Biodiversité et Ecosystèmes Tropicaux - Parcours Biodiversité et Ecosystèmes Naturels Encadrement scientifique : C. Baider, L. Gigord, C. Lavergne, P.P. Lowry II, G.M. Plunkett Nature du document : Rapport de stage

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Use of molecular genetics for understanding seabird evolution, ecology and conservation / Scott A. Taylor

Public ISBD Titre : Use of molecular genetics for understanding seabird evolution, ecology and conservation Type de document : texte imprimé Auteurs : Scott A. Taylor, Auteur ; Vicki L. Friesen, Auteur Editeur : Hoboken [New Jersey] : Wiley Année de publication : 2012 Collection : Marine Ecology Progress series num. 451 Importance : p. 285–304 Présentation : graph. en noir et blanc Langues : Anglais Mots-clés : [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ECOLOGIE ANIMALE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ECOLOGIE ANIMALE:POPULATION ANIMALE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ECOLOGIE ANIMALE:POPULATION ANIMALE:DYNAMIQUE DE POPULATION [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0102 - ETRES VIVANTS:FAUNE:ANIMAL:OISEAU:OISEAU DE MER [ECOPLANETE] 0200 - ENVIRONNEMENT:0202 - GESTION ET PROTECTION DE LA FAUNE ET DE LA FLORE:CONSERVATION GENETIQUE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:MUTATION GENETIQUE [ECOPLANETE] 1800 - DIVERS:1803 - MOTS OUTILS:EVOLUTION Mots-clés : PHYLOGÉOGRAPHIE  PHYLOGÉNÉTIQUE  FLUX GÉNÉTIQUE  HYBRIDATION  ASSIGNATION MOLÉCULAIRE Résumé : Traduction du résumé : Les informations sur les variations génétiques au sein et parmi les populations d'organismes très mobiles tels que les oiseaux de mer sont nécessaires pour comprendre leur évolution et leur écologie, et peuvent constituer un outil de conservation. Les récents développements en génétique moléculaire, notamment des méthodes efficaces de détection de mutations et un séquençage automatisé, fournissent des informations génétiques détaillées pour les organismes non modèles. En outre, des avancées théoriques telles que la théorie des coalescents et les affectations moléculaires fournissent de puissants outils pour déterminer l’abondance, les distributions et les mouvements historiques et contemporains des espèces. Nous passons en revue les progrès réalisés en matière d’étude de la phylogénétique, de la génétique des populations, de l’hybridation, de l’écologie et de la conservation des oiseaux de mer et résumons les études récentes dans chaque domaine. Tous les champs bénéficieront d’ensembles de données plus vastes et de méthodes d’analyse plus sophistiquées. Les études phylogénétiques fourniront une détermination plus robuste de l’histoire évolutive, tandis que les études sur la génétique des populations et l’hybridation passeront au niveau d’investigations au niveau génomique. Les études écologiques pourraient tirer parti de meilleures affectations moléculaires et les études axées sur la conservation bénéficieraient d’une meilleure compréhension de l’évolution et de l’écologie des oiseaux de mer. En outre, nous soulignons que la combinaison de nouveaux outils moléculaires et analytiques avec des données sur la morphologie, le comportement et les mouvements est particulièrement puissante pour comprendre l'évolution et l'écologie des oiseaux de mer et pour aider à la conservation. Nature du document : Article scientifique Use of molecular genetics for understanding seabird evolution, ecology and conservation [texte imprimé] / Scott A. Taylor, Auteur ; Vicki L. Friesen, Auteur . - Hoboken (New Jersey) : Wiley, 2012 . - p. 285–304 : graph. en noir et blanc. - (Marine Ecology Progress series; 451) . Langues : Anglais Mots-clés : [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ECOLOGIE ANIMALE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ECOLOGIE ANIMALE:POPULATION ANIMALE [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0101 - ECOLOGIE:ECOLOGIE:ECOLOGIE ANIMALE:POPULATION ANIMALE:DYNAMIQUE DE POPULATION [ECOPLANETE] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS :0102 - ETRES VIVANTS:FAUNE:ANIMAL:OISEAU:OISEAU DE MER [ECOPLANETE] 0200 - ENVIRONNEMENT:0202 - GESTION ET PROTECTION DE LA FAUNE ET DE LA FLORE:CONSERVATION GENETIQUE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE [ECOPLANETE] 1700 - SCIENCES:1703 - SCIENCES DE LA VIE:SCIENCES DE LA VIE:BIOLOGIE:GENETIQUE:MUTATION GENETIQUE [ECOPLANETE] 1800 - DIVERS:1803 - MOTS OUTILS:EVOLUTION Mots-clés : PHYLOGÉOGRAPHIE  PHYLOGÉNÉTIQUE  FLUX GÉNÉTIQUE  HYBRIDATION  ASSIGNATION MOLÉCULAIRE Résumé : Traduction du résumé : Les informations sur les variations génétiques au sein et parmi les populations d'organismes très mobiles tels que les oiseaux de mer sont nécessaires pour comprendre leur évolution et leur écologie, et peuvent constituer un outil de conservation. Les récents développements en génétique moléculaire, notamment des méthodes efficaces de détection de mutations et un séquençage automatisé, fournissent des informations génétiques détaillées pour les organismes non modèles. En outre, des avancées théoriques telles que la théorie des coalescents et les affectations moléculaires fournissent de puissants outils pour déterminer l’abondance, les distributions et les mouvements historiques et contemporains des espèces. Nous passons en revue les progrès réalisés en matière d’étude de la phylogénétique, de la génétique des populations, de l’hybridation, de l’écologie et de la conservation des oiseaux de mer et résumons les études récentes dans chaque domaine. Tous les champs bénéficieront d’ensembles de données plus vastes et de méthodes d’analyse plus sophistiquées. Les études phylogénétiques fourniront une détermination plus robuste de l’histoire évolutive, tandis que les études sur la génétique des populations et l’hybridation passeront au niveau d’investigations au niveau génomique. Les études écologiques pourraient tirer parti de meilleures affectations moléculaires et les études axées sur la conservation bénéficieraient d’une meilleure compréhension de l’évolution et de l’écologie des oiseaux de mer. En outre, nous soulignons que la combinaison de nouveaux outils moléculaires et analytiques avec des données sur la morphologie, le comportement et les mouvements est particulièrement puissante pour comprendre l'évolution et l'écologie des oiseaux de mer et pour aider à la conservation. Nature du document : Article scientifique

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